Các cơ sở đào tạo Tăng ni của Giáo hội mở rộng trên khắp các miền. Hệ thống các trường Trung cấp Phật học được đặt tại các cơ sở của các Tỉnh, Thành hội Phật giáo. Trong cả nước có 30 Trường Trung cấp Phật học và 06 cơ sở đào tạo Cao đẳng Phật học.

Cấp Đại học được đào tạo tại các Học viện Phật giáo:

• Tại miền Bắc: Học viện Phật giáo Việt Nam tại Hà Nội, đặt tại xã Phù Linh, huyện Sóc Sơn.
• Tại miền Trung: Học viện Phật giáo Việt Nam tại thành phố Huế
• Tại miền Nam: Học viện Phật giáo Việt Nam tại TP. Hồ Chí Minh, đặt tại Thiền viện Vạn Hạnh
• Tại miền Tây Nam bộ: Học viện Phật giáo Nam Tông Khmer tại thành phố Cần Thơ.

Mục tiêu tối thượng nền giáo dục Phật giáo Việt Nam cũng là để giải thoát. Cũng giống như giáo dục thông thường, giáo dục Phật giáo cũng ở Việt Nam do Giáo hội phụ trách cũng có nhiệm vụ: Truyền thụ kiến thức và kinh nghiệm, Giúp con người thích nghi với cuộc sống, Giúp phát triển mọi tiềm năng nội tại của một con người với tư cách một cá nhân. Bên cạnh đó, để vương tới mục tiêu tối thượng là giải thoát, giáo dục Phật giáo Việt Nam chủ trương sử dụng biện pháp buông xả. Tuy nhiên, tùy từng hoàn cảnh, giáo dục Phật giáo Việt Nam còn có một số mục tiêu khác như hướng thiện, góp phần xây dựng một xã hội hài hòa, ở đó mọi người đều có một nếp sống hiền thiện, không tranh đoạt, không cướp bóc, từng bước tiến đến việc nhận thức được bản chất của cuộc sống và khi có đủ điều kiện thì cũng có thể nhắm đến mục đích giải thoát rốt ráo. Giáo dục Phật giáo của Việt Nam hiện nay có những khó khăn riêng do Việt Nam là một quốc gia thế tục, sự hỗ trợ của Nhà nước gần như không có mà chủ yếu đến từ các cá nhân, tổ chức phi nhà nước trong xã hội.[10]

Chương trình học gồm hai phần là Nội điển (các kiến thức của Nhà Phật) và Ngoại điển (các kiến thức khác mang tính thế tục). Hiện nay GHPGVN đã có hơn 100 tiến sĩ, thạc sĩ đào tạo trong nước và ngoài nước, phần lớn tham gia giảng dạy tại các HVPG và các lớp Cao đẳng. Mục tiêu giáo dục trong thời gian tới của GHPGVN sẽ là tiếp tục hoằng dương Phật Pháp, đặc biệt là đối với giới trẻ, phụ nữ, giới tri thức, doanh nhân. Nội dung giảng dạy không chỉ về giáo pháp mà có cả những bài dạy gần gũi với cuộc sống, hướng tới việc ngăn chặn sự băng hoại về đạo đức trong các tầng lớp người dân[11]

Hệ thống đào tạo

• Hệ giáo dục phổ cập, dành cho tất cả mọi người, bao gồm các trung tâm thuyết pháp và giảng dạy giáo lý trên toàn quốc
• Hệ giáo dục sơ cấp, do các vị trụ trì hay Duy-na dạy tại các chùa
• Hệ giáo dục trung cấp, dành cho các đối tượng là Tăng Ni sinh có trình độ phổ thông tối thiểu là hết lớp 9/12, hướng đến giới, định, tuệ, giải thoát, và giải thoát tri kiến; cung cấp cho Tăng Ni sinh một nền tảng văn, tư, tu; hướng Tăng Ni sinh đến đời sống thanh tịnh và giải thoát cho tự thân
• Hệ giáo dục Đại học, đào tạo chuyên sâu về Phật học cho những người đã tốt nghiệp cơ bản Phật học và có trình độ thế học tối thiểu là tốt nghiệp lớp 12 nhằm cung cấp những vị có khả năng trước tác, dịch thuật, giảng dạy, góp phần hoàn bị sứ mạng giáo dục phổ cập và cơ bản Phật học.[10]
• Hệ bậc sau đại học.[11]